José Ballivián y Segurola fut élu Président en 1841 et le resta jusqu'en 1847. La nouvelle convention de Sucre le reconnu Président en 1843 et approuva la nouvelle constitution, la 5ème du pays. L'opposition, les pros Santa Cruz, fut réprimée dans le sang. 

Ce gouvernement s'intéressa particulièrement au secteur de l'éducation, dans les universités autant que dans les écoles et collèges, avec le Dr.Tomas Frias. 

Les relations extérieures se calmèrent, car Ballivian n'était pas aussi menaçant que Santa Cruz. Cependant les troupes de Santa Cruz restaient présentes en Bolivie et devinrent inutiles en temps de paix. Ballivian procéda à une campagne de démilitarisation mais sans grand succès.  Il retraita beaucoup de chefs et militaires et licencia beaucoup de militaires. Il établit un fond de retraite, leur offrit des terres et créa des colonies dans le département de Santa Cruz. Mais cela ne fonctionna pas car le fond de retraite était encore un poids de plus que la nation devait encaisser. 

Au niveau administratif Ballivian créa le département du Béni sur la base des missions Moxos, avec un territoire de plus de 200 000 km2. Il créa aussi l'évêché de Cochabamba.

Au niveau économique il suivit les politiques initiées par Santa Cruz. Il créa des banques à La Paz, Oruro et Chichas. Il intensifia la prospection et améliora l'exploitation minière grâce à un personnel technique et des ingénieurs venus d'Europe.

Le thème de l'importation et l'exportation le préoccupa beaucoup, cherchant une solution pour sortir en mer car le port de Cobija (sur la cote pacifique) ne comptait désormais que des installations précaires.

Il voulu développer les communications fluviales à l'intérieur du pays. À cette fin il envoya le Dr. Agustin Palacios explorer le réseau hydrographique du pays et établir des ports à Pilcomayo et sur le fleuve Béni.

Sa politique économique continua sur la lancée protectionniste avec des taxes douanières allant de 8 à 40%.

Le gouvernement put atteindre le changement économique à travers d'Arica, port que le Pérou lui concéda pour sa libre utilisation avec la seule condition de payer des droits de port. Les deux principaux produits exportés étaient le guano et la quinine. Ces deux produits se trouvaient en grande quantité dans le pays et particulièrement sur le littoral. Cependant l'état concéda l'exploitation à une compagnie privée et ne s'en préoccupa pas.  

Ballivian avait un concurrent Belzu, anciens amis ils étaient devenu ennemis jurés lorsque Belzu supprit Ballivian en train de courtiser sa femme. Ballivian dégrada Belzu qui était Maréchal au statut de simple soldat et l'envoya dans le quartier du 5ème bataillon de la garnison d'Obrajes. Cependant Belzu convainquit les officiers du bataillon et, prenant le commandement, il alla place Murillo attaquer le palais. Le colonel Mariano Ballivian, frère du Président contre-attaqua et Belzu dut s'enfuir déguisé en indien au Pérou. 

Il y eut alors d'autres soulèvements dans le sud du pays; à Tupiza, à Potosi et à Sucre. Ballivian dut entreprendre une campagne militaire sur les places des insurgés. Alors qu'il faisait campagne dans le sud, eut lieu à La Paz un gros soulèvement en faveur de Velasco. La révolution triompha grâce à l'intervention de Belzu. Cela convainquit le Général Ballivian de laisser le pouvoir au président du conseil d'état, le Général Eusebio Guilarte, le 23 décembre 1847, après 6 ans de gouvernement.

Mais Guilarte ne resta que dix jours au gouvernement; Velasco le reversa et prit le pouvoir pour la quatrième et dernière fois. Cependant la sympathie du peuple allait vers Belzu qui détestait la classe aristocratique, et il monta au pouvoir le 6 décembre 1848 après avoir gagné la bataille de Yamparaez contre Velasco qui lui laissa le pouvoir. 

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Source: 

José de Mesa, Teresa Gisbert, Carlos D. Mesa Gisbert : HISTORIA DE BOLIVIA; 4ème édition, Editorial Gisbert, La Paz, 2001