Au 17ème siècle se développent les expéditions pour aller explorer la partie orientale du pays et cela aboutira sur la construction des missions de Moxos et de Chiquitanias.
L'ordre des jésuites, consacré à la conquête spirituelle d'Amérique avait à son compte beaucoup de groupes missionnaires. C'est cet ordre qui mit en place les missions du Paraguay, Moxos et Chiquitos qui devinrent des exemples de communautés autosuffisantes avec une organisation parfaite.
Les missions de Moxos
À partir de 1595, les jésuites du Paraguay étendirent leurs expéditions vers le nord de Santa Cruz et installèrent un collège et centre des opérations dans la ville.
Le premier à établir des contacts avec les indiens fut le frère Juan de Soto en 1667 lors d'une expédition civile. Il eut beaucoup de succès grâce à ses connaissances en médecine. Il s'interna dans la région Moxos avec deux autres jésuites, appris leur langue qui devint la langue des missions et évangélisa les indiens. Dès lors le collège des jésuites fut chargé de l'évangélisation de cette région.
La première mission construite fut Notre Dame de Loreto, en territoire Chiriguano avec les jésuites Marban, Barace, Orellana, Vega et le recteur du collège de Santa Cruz, Leturia. Elle progressa rapidement, en 1687 elle avait près de 2000 habitants. C'est à partir de cette époque que le père Barace introduit également du bétail dans la région, ce qui aujourd'hui encore est une grande ressource économique.
C'est le père Barace qui fonda la mission de Sanctissime Trinidad, future ville et capitale du Béni, Trinidad, en 1686. À la fin du 17ème siècle les missions jésuites de Moxos comptaient 9 villages et près de 14000 habitants.
Les missions jésuites
La première mission chiquitos quant à elle fut élevée par le père Arce qui fonda San Francisco Javier dans une région où les indiens étaient persécutés par les chasseurs d'esclaves portugais. Arce appela une armée de Santa Cruz et ils combattirent les portugais. Les autres missions chiquitanias furent ensuite construites.
Les rébellions calchaquies
Bohorquez, un conquistador andalous, entra sur les territoires de l'orient se maria avec la fille d'un puissant cacique. Il essaya ensuite de conquérir le territoire avec les troupes de Lima puis de Chuquisaca; mais ils furent mal accueillis par les indiens et les deux expéditions se soldèrent par un échec.
Bohorquez menacé par les espagnols à cause de son échec fut arrêté mais il réussit à s'enfuir. Il va ensuite chez les Calchaquies, indiens rebelles de la région de Chuquisaca, leur fait croire qu'il est le descendant du dernier Inca et monte les indiens contre les espagnols. Il organise plusieurs insurrections avec eux. Les espagnols le déclarèrent traître à la couronne et comme ils n'arrivaient pas à l'atteindre eux-mêmes, payèrent des indiens afin qu'ils le tuent, sans succès. L'Audience de Charcas envoya une grande armée et mata les Calchaquies. Bohorquez se rendit, non sans laisser des instructions au Calchaquies au cas ou il ne reviendrait pas. Comme il ne revint pas toute la région se souleva dans une terrible guerre qui dura 6 ans. Au final les espagnols gagnèrent en tuant toute la vallée des calchaquies. Bohorquez fut exécuté le 3 janvier 1667.
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Source:
José de Mesa, Teresa Gisbert, Carlos D. Mesa Gisbert : HISTORIA DE BOLIVIA; 4ème édition, Editorial Gisbert, La Paz, 2001